上海财经大学体育课程在建校初期就已设立，在历经50多年的艰难历程后，已逐渐发展成为一套较完整的课程体系。但进入21世纪前，上海财经大学体育课程教学体系还存在大量的问题和局限，亟需实行全面而深层次的改革。
从1999年开始，上海财经大学体育课程进入实质性改革阶段。上海财经大学在“十五”发展计划中首次提出“一流大学要有一流体育”的发展目标和要求。在此背景下，上海财经大学体育课程改革计划正式启动。历经五年多，体育课程改革层层展开，步步深入。从课程设置到教学内容，从教学方法到教学手段，从教学管理到质量监控，上海财经大学体育课程得到了较为系统和全面的改革。改革后的体育课程不仅有利于学生的健康发展，还有利于学生的个性发展，体育课更受学生欢迎，更能满足学生的不同兴趣和需求。
纵观上海财经大学体育课程改革，其过程可分为三个阶段：
第一阶段从1999年1月到2002年7月，该阶段的体育课程改革主要围绕两个主题来展开：一是打破陈旧思想和观念的束缚，把“健康第一”的思想和“素质教育”的观念融入体育教学之中；二是消除传统体育教学模式的制约，全面推行“课内外一体化”，把培养学生自我能力和终身体育意识贯穿到体育教学之中。通过第一阶段改革，上海财经大学体育课程教学至少在四个方面取得根本性转变：一是教师的思想观念发生根本性转变，“健康第一”和“能力培养”成为教师们教书育人的指导思想和追求目标；二是打破年级与班级的界限，体育课程教学实现从行政班向专项班的转变；三是冲破时间和空间的制约，将体育教学拓展到周末和晚上，拓展到课外体育活动。四是建立竞争机制，实行“教师挂牌，学生选课”，体育课程教学实现从以教师为主体向以学生为主体的转变；由于这一阶段的体育课程改革取得突破性进展，2002年学校授予体育教学部“上海财经大学教学改革成果二等奖”。
第二阶段从2002年8月到2004年1月，这一阶段的体育课程改革是学校依据国家教育部新颁《全国普通高等院校体育课程指导纲要》的文件精神，对第一阶段体育课程改革的进一步深化。在这一阶段，体育教学部课改小组率先提出“大学体育可持续发展”这一前瞻性理念。围绕这一理念，课改小组进一步提出大学体育教育要有利于学生可持续发展、有利于社会可持续发展和有利于体育学科可持续发展的三维发展理论，并在四个方面取得新的突破：体育课程设置从“以学科为中心”转向“以学生为中心”；体育课程内容从校方决策专向学生、学校双向决策；体育考试方法从指定性考核向菜单式考核转变；体育教学方法手段从单一的课堂式教学转向课内导学导练、课外自学自练，并通过校园网进行互动教学。依据《纲要》精神，体育课程教学进一步向校外拓展，把野外生存训练作为大学生能力培养的必修课程。2004年暑期，第一批和第二批学生赴天目山野外生存训练营，所有学生成功完成训练任务。上海财经大学还将运动队训练纳入体育课程，运动队训练实行课程和目标双重管理。
从2004年开始，体育课程改革进入第三个阶段。在这一阶段，体育课改小组提出了建设体育精品课程的目标和计划。该计划紧紧围绕学校提出的“五个一流”而展开，即建设一流的体育教师队伍、建设一流的体育教学内容、建设一流体育教学方法、建设一流的体育课程教材、建设一流体育教学管理体系。这一改革计划和配套方案得到学校精品课程建设领导小组认可，将体育课程选入学校十五门精品课程建设行列。2005年，上海财经大学体育课程入选上海市精品课程，并被市教委列为上海市重点课程建设项目。如今，上海财经大学乘全国学校体育工作会议之东风，积极响应党中央国务院号召，大力开展“阳光体育运动”，体育精品课程建设与教学改革又跨入了一个新阶段。
